Windows ME es una actualización a Windows 9x y la mayoría del software para Windows 95 y Windows 98 funcionará con Windows ME. Decimos "mayoría" porque el software como un programa antivirus o cualquier otra utilidad diseñada para Windows 9x no funcionará (o no funcionará bien) en Windows ME. La estructura de archivos y los archivos de configuración han cambiado ligeramente en Windows ME. Sin embargo, los juegos, programas y otro software funcionarán en Windows ME. Si el software no funciona, debería tener una actualización que le permita funcionar.