Debido a que las compañías que apoyan y desarrollan el software de IM son competidores, casi todos los programas anteriores no son compatibles entre sí. Si estás en AIM y tienes un amigo usando MSN, no puedes hablar entre ellos a menos que tú o tu amigo reciban el mismo mensajero instantáneo. Se han creado programas como Trillian y Gaim (ahora llamados Pidgin) que permiten a los usuarios tener todos los mensajeros instantáneos en el mismo programa. Sin embargo, estos tipos de programas todavía funcionan en diferentes redes.
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